Eur. Phys. J. B 14, 783-786 (2000)
https://doi.org/10.1007/s100510051089

Classificazione automatica delle conformazioni delle anse degli anticorpi

University of Cambridge Clinical School, Wellcome Trust Centre for the Study of Molecular Mechanisms in Disease, Cambridge Institute for Medical Research, Wellcome/MRC Building, Hills Road, Cambridge CB2 2XY, UK

Abstract

The antigen-binding sites of antibodies are constructed principally from six loops, the CDRs (complementarity-determining regions). For five of these loops the main-chain conformations follow the "canonical structure"model, according to which the mainchains of these loops have a small, discrete and limited repertoire of conformations. The observed conformations of the last loop (CDR3 of the heavy chain) are much more variable, and here we only distinguish among conformations of the portions of this region adjacent to the framework. Given the rapid growth in population of antibody structures in the protein data bank, it would be useful to have an automatic method for identifying the canonical structures of a new structure. We have written a program that takes as input the structure of an antibody and reports the assignment of canonical structures to its loops. The program uses (1) a set of known antibody structures and the definitions of the CDRs in all these structures, and (2) coordinates of examples that define each canonical structure of each loop.

Résumé

I siti di legame con l'antigene degli anticorpi sono costituiti principalmente da sei anse, le RDC (Regioni determinante la complementarietà). La conformazione della catena principale di cinque di queste anse è descritta dal modello delle "strutture canoniche", secondo il quale le catene principali di queste anse possiedono un repertorio di conformazioni limitato e discreto. Le conformazioni osservate per l'ultima ansa (RDC3 della catena pesante) sono molto più variabili, e qui ci limitiamo a distinguere fra le conformazioni di questa regione più vicine all'impalcatura. Dato il rapido aumento nella popolazione di strutture delle immunoglobuline nella banca dati, sarebbe utile avere un metodo automatico per identificare le strutture canoniche di un anticorpo. Abbiamo scritto un programma che accetta in entrata le coordinate di una struttura di un anticorpo, e assegna le strutture canoniche delle anse. Il programma utilizza (1) un insieme delle strutture di anticorpi conosciute e la definizione delle RDC in tutte queste strutture, e (2) le coordinate degli esempi che ci forniscono la definizione di ciascuna struttura canonica.